A empresa emissora do Manifesto Eletrônico de Documentos Fiscais - MDF-e gerará um arquivo eletrônico contendo as informações do veículo de carga, condutor, previsão de itinerário, valor e peso da carga e documentos fiscais, o qual deverá ser assinado digitalmente, de maneira a garantir a integridade dos dados e a autoria do emissor, com certificado emitido por Autoridade Certificadora credenciada pela Infraestrutura de Chave Pública Brasileira (ICP-Brasil).
O procedimento para autorização de uso do MDF-e seguirá os seguintes passos:
1. O arquivo eletrônico do MDF-e será transmitido pela Internet para o ambiente autorizador;
2. Esse autorizador fará a validação do arquivo, não implicando a validação da regularidade fiscal de pessoas, valores e informações contidos no arquivo enviado;
3. Em seguida, devolverá uma mensagem eletrônica com o resultado da validação, podendo ser rejeição ou autorização de uso. Importante ressaltar que só poderá ser iniciado o transporte após a devida autorização de uso;
4. O arquivo do MDF-e será disponibilizado pelo ambiente autorizador (atualmente SEFAZ Autorizadora do RS) para todos os órgãos interessados (Secretarias da Fazenda das Unidades Federadas, RFB e SUFRAMA);
5. Para acompanhar o transporte das mercadorias, deverá ser impresso em papel, um documento auxiliar do MDF-e: o Documento Auxiliar do MDF-e – DAMDFE;
6. Após início do transporte e abordagem pela Fiscalização de Mercadorias em Trânsito, deverá ser processado o registro de passagem do MDF-e, que marcará automaticamente todos os documentos eletrônicos vinculados ao MDF-e associados à unidade de carga em fiscalização.
A empresa emitente deverá encerrar o MDF-e no final do percurso (Encerramento do MDF-e). Enquanto houver MDF-e pendente de encerramento, não será possível autorizar novo MDF-e para a mesma UF de descarregamento, para o mesmo veículo, em diferentes datas de emissão.
Vale lembrar, que se no decorrer do transporte houver qualquer alteração nas informações do MDF-e (veículos, carga, documentação, motorista e outros), este deverá ser encerrado e emitido um novo MDF-e com a nova configuração (AJUSTE SINIEF 21, DE 10 DE DEZEMBRO DE 2010, Cláusula décima quarta).